北京科技大学科学技术研究院的主要工作包括各类科研项目的策划、组织和管理，省部级以上科研基地/平台的申报和运行管理，与地方、企业的项目推广及合作，科研成果管理，科研财务管理，知识产权管理等。
    科学技术研究院的内设机构包括：纵向科研办公室、重大专项办公室、基地基金办公室、地企合作办公室、先进技术装备管理办公室、综合管理办公室

纵向科研办公室
1、科技部、教育部及其他各部委项目的组织、管理
2、科技成果（校内外科技奖励、成果鉴定等）管理
3、科研信息化建设

重大专项办公室
1、国家科技重大专项的组织、管理

基地基金办公室
1、省部级以上科研基地/平台的组织申报及建设、运行管理
2、国家自然科学基金委员会、北京市自然科学基金委员会项目的组织、管理
3、基础学科及新兴交叉学科相关工作
4、“2011计划”相关工作
5、实验室开放课题等
6、现代农村研究中心（筹）

地企合作办公室
1、地方、企业合作项目的组织、管理
2、研发中心的建设、管理
3、社科项目的组织、管理
4、北京市科委、教委项目的组织、管理
5、首都高校科技信息网相关工作

先进技术装备管理办公室
1、国防科研项目开发与管理
2、国防科研平台开发、建设与管理
3、保密、质量、科研生产许可等体系建设、管理与维护

综合管理办公室
（一）
1、办公室日常事务、综合管理事务
2、中央高校基本科研业务费资助项目的组织、管理
3、科技统计、科技宣传
4、行业协会/学会工作及校学术委员会秘书处工作
（二）
1、科研财务管理
2、横向科研项目及合同管理

知识产权管理服务中心
1、知识产权管理